Il sistema di controllo dello strumento DESI (Instrument Control System, ICS) gestisce tutte le funzioni di controllo e monitoraggio necessarie al funzionamento di DESI. Ciò comprende flusso e acquisizione dati, connessione al sistema di controllo del telescopio Mayall, monitoraggio delle infrastrutture, mantenimento di un database delle operazioni, guida, trasformazione di coordinate, coordinamento dei sottosistemi e interfacce utente. Al cuore dell’ICS si trova il sistema online di DESI (DESI Online System, DOS). DOS fornisce un framework applicativo a supporto dei vari software relativi ai sottosistemi. Contiene inoltre tutte le interfacce utente, quali sequenze di esposizione, telemetria in tempo reale e anteprima delle immagini. Le sequenze di esposizione sono gestite dal sistema di controllo delle osservazioni (Observation Control System, OCS) che utilizza un’architettura orientata alle sequenze per controllare il flusso di dati da un sottosistema di software all’altro. DESI colleziona una grande quantità di metadati e informazioni sulla telemetria che viene registrata nel database delle operazioni.